Para criar uma máquina virtual que boota direto da USB, faça o seguinte:

1. No prompt de comando, acesse o diretorio do VirtualBox.

cd C:\Program Files\Oracle\VirtualBox

2. Execute o seguinte comando:

VBoxManage internalcommands createrawvmdk -filename C:\VIRTUAL\USB.vmdk -rawdisk \\.\PhysicalDrive3
 

Onde: C:\VIRTUAL\USB.vmdk é o nome da maquina que será criada, e "3" é o número da porta onde está conectado o seu pendrive. Essa informação você descobre no Gerenciador de Discos do Windows.

Este comando irá gerar um disco virtual chamado USB.vmdk.

Agora basta abrir o VirtualBox, criar uma nova máquina virtual, e especificar este disco. Pronto! Ao iniciar a VM o boot será realizado pelo USB.